Catatan Kementrian Dalam Negeri Indonesia Tentang Malaysia

Kementerian Dalam Negeri ada 10 masalah perbatasan darat RI-Malaysia yang belum selesai seperti perlunya pengukuran ulang di perbatasan Tanjung Datu karena hasil pengukuran bersama tidak sesuai.
Permasalahan kedua, di perbatasan Gunung Raya, garis batas Gunung Raya I dan II, hasil "joint survey" tidak dapat disepakati oleh kedua belah pihak.
Ketiga, G Jagoi/S Buan kenyataan di lapangan tidak sesuai dengan Konvensi 1928, permasalahan keempat di perbatasan Batu Aum penerapan arah dan jarak tidak diterima kedua belah pihak.
Masalah kelima adalah Titik D 400, hasil survei RI-Malaysia tahun 1987/1988 tidak menemukan watershed. Keenam, di Pulau Sebatik, kedua tim survei menemukan tugu di sebelah barat P.Sebatik berada pada bagian Selatan posisi yang seharusnya 4 derajat, 20", sehingga RI dirugikan.
Permasalahan ketujuh, di perbatasan S Sinapad, yakni Muara S Sinapad berada di Utara dari Lintang 4 derajat 20" Lintang Utara, tidak sesuai dengan Konvensi 1891 dan 1915.
Kedelapan, permasalahan di perbatasan S. Semantipal oleh pihak Malaysia disampaikan keluhan ltentang etak Muara S.Simantipal (minta pengukuran ulang). Permasalahan kesembilan, Titik C 500 - C 600, pihak Malaysia mengeluhkan watershed dipotong sungai.
Permasalahan ke-10 adalah B 2700-B 3100 hasil ukuran bersama menunjukkan penyimpangan sehingga Malaysia dirugikan.
Menyusul insiden penangkapan tiga petugas Kementerian Kelautan dan Perikanan oleh aparat Malaysia di wilayah perairan Indonesia, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono memerintahkan agar perundingan persoalan perbatasan dengan Malaysia dipercepat